审计处成立于1987年3月，当时隶属于校长办公室。随着学校的发展，1993年成为独立的审计处，与纪检、监察、法制合并为纪审监法办公室。2004年12月审计处独立建制，由校长主管并由校纪委书记协助分管，2022年由校长主管。   

审计处是学校主管内部审计的行政职能部门，主要职责是对校内各项经济活动进行监督、评价。目的是为了更好地维护学校内部财经纪律和各项规章制度，进一步促进和加强内部管理、党风廉政建设，提高办学效益和建立良好的经济工作秩序。审计处对学校领导负责，在校长的领导下开展工作，同时接受上级审计部门的指导和监督。

审计处全体同志始终秉承忠于职守，严明纪律，客观公正，办事高效的宗旨，在认真履行监督、评价职能的同时，充分发挥服务功能，为防止学校经济风险服务；为保障教育事业健康发展，提高教育资金使用效益服务；为学校干部队伍建设和廉政建设服务。

多年来，审计处为学校的经济建设和发展做出了突出贡献，为学校节约了大量资金，维护了学校经济利益的最大化。学校审计处先后在1999年、2002年被评为黑龙江省教育系统审计先进单位，审计处处长被评为2002年校级先进工作者；2003年、2004- 2005年、2008-2009年被黑龙江内审协会评为黑龙江省内部审计先进单位。2012-2013年、2016-2017年被评为哈尔滨工业大学“三八”红旗集体。